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慢性前列腺炎与感染性疾病不同，该类型发病机制及致病原因尚不明确。目前认为可能与细菌以外的微生物感染有关，如沙眼衣原体、支原体、滴虫、真菌、病毒等，可引起前列腺组织的炎性病变而导致慢性前列腺炎。
其他原因有尿液中化学物质刺激、尿路感染的免疫异常反应以及盆腔神经损伤。
手术或外伤可能导致盆腔神经损伤，复发性或难治性的尿路感染可能诱发慢性前列腺炎。此外心理压力过大、性生活不规律、勃起而不排精、性生活中断以及长时间骑车或久坐可导致盆腔及前列腺充血而诱发本病。
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