卵巢囊肿对怀孕会造成影响的，但卵巢囊肿异常者有怀孕的可能。其对孕妇及胎儿有较大的影响，在早些时候会引起流产；怀孕中期会引起卵巢囊肿蒂扭转；到了妊娠晚期，引起产道的阻塞，造成难产。有类似异常者的人进行产前检查，若囊肿不超五公分可采用方剂去治然后去按时检查即可，超五公分可采用手术。
怀孕了卵巢囊肿怎么办？妊娠合并卵巢囊肿是常出现的情况，由于卵巢囊肿早些时候并不会有什么情况，甚至有的已长到很大了也没什么可察觉的异常，所以孕前检查是重要的。如果囊肿没有扭转那么不会影响到胎儿，如果扭转的话就会导致流产的发生，所以建议是在没有怀孕前治此病。 卵巢囊肿对胎儿有影响，因此要早点接受手术。通常在怀孕后发现卵巢肿块通常选妊娠十六周左右施行手术。这之前或不易和妊娠引起的卵巢生理性变大相区别，手术也会诱发流产，这之后手术变得困难，还可能发生肿块蒂扭转、破裂等情况，使处理变得被动，对母亲及胎儿是不小的威胁。所以，妊娠十六周左右施行卵巢肿块手术。
对于怀孕后查出的卵巢囊肿，需要考虑以下几个方面：
肿块的性质，是巧克力囊肿还是其他的肿块。如果是巧克力囊肿的话，可以观察。还有点就是肿块的大小，以及有没有异常，有没有腹痛，要综合这些原因去考虑。如果是孕早些时候发现有巧囊，这种人就不需要处理。因为妊娠对巧囊有治的作用，如果切除卵巢囊肿的话对妊娠有影响，可能会导致流产。通常会选择继续观察，其对卵巢囊肿有治的作用，并不等于卵巢囊肿要消失，可以缩小(不生长)，让其保持稳定就可以了，等到生产后再治。
如果卵巢囊肿持续变大，则对胎儿的生长发育有不适宜影响，甚至导致胎儿的流产。这时候就要考虑在孕中期进行手术剔除卵巢囊肿，常用就是腔镜卵巢囊肿剔除这样的方式，手术时间通常选在孕中期的十四至十六周左右，过早或者过晚，会导致流产的发生，手术不会对胎儿造成影响，之后胎儿可以继续发育至足月。
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