胚胎的孵化是一个自然过程，大约发生在胚胎发育的第6天，此时，处于囊胚期的胚胎从包围它的蛋白质层(称为透明带)中挣脱出来。透明带是胚胎的外部膜，保护它直到它孵化并植入子宫。而在试管婴儿的治疗中，蛋白质层发生一些变化，很难完成受精，这种情况下，就该派出辅助孵化登场了。
受精卵在发育的起初几天有一层约0.015-0.020毫米厚的透明带，因为在这一阶段胚胎细胞繁殖，但不增加大小。随着胚胎生长和体积的增加，外层蛋白质层变薄，直到因为细胞内容物不需适合它而分解。根据胚泡是否已经孵化，胚泡分为三种：
扩张囊胚——胚较大，透明带较薄。
孵化囊胚——透明带已经断裂，胚胎正在出来。
孵化或孵化的囊胚——胚胎已经完全脱离了透明带。
有时，一些胚胎有一个加厚或变形的透明带，使其难以离开，因此，可能导致着床失败。为了解决这个问题，辅助生殖依赖于辅助孵化技术：在胚胎外层开一个洞，使其顺利排出体外。
试管婴儿辅助孵化是如何实施的?
通常情况下，辅助孵化是在胚胎发育的第三天进行的，此时胚胎通常有8个左右的细胞，其大小还没有增加。如何做到这一点，有3种可能的技术：
机械孵化：一根针穿过透明带，并通过与移液管的摩擦钻穿。这是一项很少使用的技术，因为有伤害胚胎的风险。
化学孵化：一种酸性溶液，被用来将透明区降解成一个洞。
激光孵化：是目前使用比较普遍的方法，因为在打孔时不需要几个激光微脉冲，它具有较好的控制性和没有危险性。然而，它的缺点是比较昂贵。
辅助孵化并不是在实验室就能例行进行的。它只在以下具体情况下才会出现：有增厚透明带的受精卵;解冻胚胎的移植，因为玻璃化会使透明带变硬;37岁以上难以怀孕的女性;血清基础卵泡刺内分泌值高;几个体外受精周期后的反复失败;缓慢发展的胚胎。例如，在第3天，它们只有不到6个细胞;有不正常的或暗色透明带的胚胎;碎裂率高的胚胎;当透明带被打洞时，它被用来吸出碎片。值得注意的是，那些接受胚胎植入前遗传学诊断活检的胚胎已经形成了这个洞，因此，一旦它们到达扩张囊胚阶段，就很容易孵化。
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