试管婴儿需要女性的卵巢受到影响产生多个卵子，然后这些卵子被精子取出受精。这与通常由卵巢产生一个卵子的情况不同。对卵巢的刺激是通过药物来实现的，以较大限度地增加获得几个适合受精的卵子的机会。在控制性卵巢过度刺激之前，进行超声检查，以检测是否存在有功能性卵巢囊肿。
试管婴儿重要的一个环节是刺激卵巢，如果有卵巢囊肿本身就会影响卵巢的正常功能，在卵巢刺激药物的作用下，会不会使得卵巢功能进一步紊乱，也有可能导致刺激卵巢失败，没有成熟的卵子产生，也就无法进行试管婴儿的下一步。
卵巢囊肿是在月经周期形成的充满液体的囊(又称卵泡)。很多情况下卵巢上都有囊肿。如果女性每个月的卵泡能够正常生长，它也被称为功能性囊肿。功能性囊肿有两种类型：单纯性囊肿和黄体囊肿。
简单囊肿：基本上是一个没有意识到是时候停止生长的大卵泡，然后变大成为一个简单囊肿。它们通常会在几个月内自行消失，或者如果你在做生育治疗，就会服用抑止药物。
简单囊肿对试管婴儿的影响：你的生育治疗周期可能会因为一个简单的囊肿而延迟。这是因为它会产生过量的女性内分泌，使你的治疗方案无法控制你的月经周期。
黄体囊肿：黄体是卵子的“壳”，它被留下来并分泌孕酮。如果你在那个周期没有怀孕，它通常会消失。如果没有，就会充满液体，形成囊肿。他们可能会出血，可能会疼痛，被描述为“出血黄体囊肿”。
黄体囊肿对试管婴儿的影响：你的生育治疗周期可能会因为黄体囊肿而延迟，因为它产生的孕酮会延迟你的月经周期，或导致试管婴儿的治疗方案无法控制你的周期。
如果功能性囊肿很小且不活跃，这可以通过测量女性内分泌的分泌来确定，医生会继续进行试管婴儿周期并在有囊肿的情况下继续工作。如果发现的囊肿并不小，尽管被控制了一段时间，囊肿仍然在那里，还有变大的趋势，那就需要考虑切除后在选择试管婴儿周期治疗。
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