怀孕是一种不寻常的情况，妇女的免疫系统须激活一种耐受机制，以便在整个怀孕期间不排斥婴儿的身体。为了做到这一点，胚胎表达抗原，其功能是控制母亲的免疫系统细胞，从而没有排异反应。
在有些情况下，由于耐受机制的失败，母亲的免疫系统不能识别胚胎是自己的，因此排斥它，导致流产。这种情况通常发生在有大量自然杀伤细胞的女性身上，自然杀伤细胞是一种免疫系统细胞，它通过不识别它们来破坏胚胎组织。
免疫和胚胎植入
免疫细胞在防范感染方面发挥着较大的作用，但它们有多种功能。免疫细胞也与生育有关!着床期间，周围子宫内膜富含免疫细胞，其中大部分为自然杀伤细胞。
有些人认为免疫系统会排斥胚胎，就像器官在移植过程中的排斥一样。另一方面，其他人认为免疫细胞对胚胎着床有较多的支持功能，控制没有好处。
免疫系统的工作是识别并除去对身体的潜在威胁。它使用不同的细胞来完成。其中一种细胞是自然杀伤细胞，这也是身体启动防御机制重要功能。
不同类型的自然杀伤细胞有不同的行为。对于胚胎植入，外周血自然杀伤细胞，它们漂浮在血液中，和子宫自然杀伤细胞的共同作用下，这些自然杀伤细胞停留在植入部位，对植入的胚胎产生影响。
遗传和免疫原因导致流产时胚胎排斥反应的发生机制。
1、对于多倍体的胚胎，有一个未知的触发因素：可能是由于胚胎中存在过量的遗传物质。遗传物质细胞中产生强烈反应，导致选择性过度激活和分泌。
2、通过阻断蜕膜和血管内的侵袭，阻止异常人类胚胎的侵袭和生长。
3、对于核型正常但经外滋养细胞低表达，分泌分子胚胎相互作用。低表达分泌分子导致细胞增殖和细胞毒活性活化不足，控制细胞导致分泌低细胞因子和增殖异常。
4、选择性控制导致分泌不足，使机体将胚胎视为突变的自身细胞，这是“移植排斥”的开始。
在此之后，通过细胞免疫和体液免疫启动适应性免疫反应，从而阻碍胚胎的入侵和生长。滋养细胞侵袭受损，绒毛膜绒毛间质水肿。组织学上(由于基因和免疫原因的排斥)是是对早期妊娠流产的原因。
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