男性发育异常是导致男性不育的常见原因，精巢、生殖茎和尿道等部位的先天畸形及相关的其它先天异常，引起其生殖器官的结构和功能改变，从而影响生育力。
导致男性不育的原因不仅是外部因素造成的，而且自身情况占了较大部分。先天类发育异常是导致男性不育的原因，精巢、生殖茎和尿道等部位的先天畸形及相关的其它先天异常，直接引起其生殖器官的结构和功能改变，可是往往由于人们缺乏这方面的知识，或羞于去做检查，致使有些人错过治的机会，而导致生育能力下降甚至男性不育。
一、生殖茎先天类发育异常。生孩子茎先天类发育异常并不多见，可导致男性不育的生殖茎先天类异常有：先天类生殖茎发育不全(隐匿生殖茎或无生殖茎)、小生殖茎、异位生殖茎。先天类生殖茎发育不适宜系外生殖器胚胎发育障碍所致，常同时有泌尿系统器官异常。小生殖茎：通常少超过五厘米长者，其形状正常，即尿道口正常，只是生殖茎过小。异常者多有精巢异常或其它潜在的内分泌异常，从而导致进入青春期后生殖茎仍处于儿童型状态，不能进行正常房事活动，异位生殖茎常见的为生殖囊后生殖茎，且多样尿道畸形，由于影响房事功能和房事活动导致不育。
二、尿道先天类异常。男性尿道先天类异常包括尿道上裂和尿道下裂。这两种畸形常可影响房事能力以及精子不能输入女性生殖道而造成不育。这些异常者常有生殖茎发育不全或隐精巢。此外，尿道先天类异常尚有些其它类形，如先天类尿道憩室、先天型尿道狭窄等，皆有程度不同的排出精子障碍而影响生育。
三、精巢先天类异常。精巢先天类异常包括精巢发育异常及精巢位置异常，位置异常的精巢常同时有精巢发育障碍。导致男性不育的常见的精巢先天类异常有：没有精巢、精巢发育不全、异位精巢、精巢融合、隐丸、多精巢、精巢附精巢分离等。由于精巢的生理功能常有两点：产生精子和分泌相关分泌物。因而，上述先天类异常均可干扰或破坏其正常的生殖功能，影响异常者的生育能力和房事能力。
四、其它先天类发育异常。其它导致男性不育的先天类生殖系发育异常均可导致不育，如先天类附精巢、输精管发育不全及缺如造成输精管梗阻，精囊发育不全、缺如、憩室等造成相关功能障碍而致不育。此外，先天类生殖囊巨大，脂肪块压迫精巢，使精巢组织呈先天类发育不适宜，精巢体积缩小，组织萎缩，功能减退或消失，从而导致男性不育(排出精子管发育不全、缺如、梗阻及开口异常)如肛门排出精子。
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